《沉默的荣耀》是基于真人真事改编的，同时为适配影视创作进行了部分艺术加工，属于情节虚实交织的创作模式，既守住了历史真实性底线，又具备足够的戏剧张力。真实与虚构细节可分为两方面：
核心人物与关键史实贴合历史
该剧以吴石、朱枫、陈宝仓、聂曦等隐蔽战线英烈为原型，剧中大部分角色都采用历史上的真名真姓，核心情节也贴合史实。比如朱枫在舟山被捕前吞金自杀未遂的情节完全还原真实历史;吴石、朱枫等人投身台湾隐蔽战线为解放事业传递情报，最终因蔡孝乾叛变而暴露的核心脉络也符合史实;此外，剧中报务员与译电员分岗设置这类职场细节，同样契合当时的历史规范。
部分角色与情节为艺术虚构
为了强化剧情冲突和情感表达，剧集也设计了不少虚构内容。例如剧中张浩、刘慷福、谢仲豪以及黎晴等角色都是虚构的，其中黎晴这一角色的设定，是为了缓和全员牺牲的悲壮结局，给予观众情感慰藉;像 “海东青” 轰炸计划、保密局调查吴石等情节也并非真实发生;就连吴石的代号 “东海” 也是剧组虚构，他真实代号是 “大舅”，且剧中吴石参与 318 师起义、由蒋介石钦点升任国防部参谋次长等情节，也与史实不符，真实情况是吴石未参与该起义，其职务晋升实为白崇禧举荐。